所屬專題：[比對](README.md)
 
## 問題
給定兩個長度相等的字符串`$ s $`和`$ t $`，它們之間的漢明距離（Hamming distance），是`$ s $`和`$ t $`對應位置上的字符不相同的個數，用`$ d_H(s,t) $`表示。見下圖：（圖片來源：[ROSALIND](http://rosalind.info/media/problems/hamm/)）
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<div align="center"><img src="http://rosalind.info/media/problems/hamm/Hamming_distance.png"></div>
<div align="center">圖中所示的兩條序列間的漢明距離為7. 不匹配的字符用紅色標示。</div>
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**輸入：** 兩個長度相等的DNA序列`$ s $`與`$ t $`（長度不超過1 kb）。
**輸出：** 它們的漢明距離`$ d_H(s,t) $`.
**樣例數據：**
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GAGCCTACTAACGGGAT
CATCGTAATGACGGCCT
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**樣例輸出：**
~~~
7
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## 背景知識
該問題涉及“漢明距離”（Hamming distance）概念的理解與計算，它是衡量兩個等長序列相似度的指標，也是適用范圍更廣的“編輯距離”（Editing distance）的特例。詳情請查閱ROSALIND網站上[關于該問題的背景說明](http://rosalind.info/problems/hamm/)。
 
## 解答
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def hamming_dist(s1, s2):
"""計算兩個等長序列s1, s2的漢明距離；若序列不等長，返回異常值-1"""
if len(s1)!=len(s2):
return -1
else:
dh = 0
for i in range(len(s1)):
if s1[i]!=s2[i]:
dh += 1
return dh
## --main--
with open("rosalind_hamm.txt", 'r') as f1:
dna_seqs = f1.readlines()
for i in range(len(dna_seqs)):
dna_seqs[i] = dna_seqs[i].strip()
result = hamming_dist(dna_seqs[0], dna_seqs[1])
with open("rosalind_hamm_out.txt", 'w') as f2:
if result==-1:
f2.write("Error: The two given strings are in different length! No Hamming distance!")
else:
f2.write(str(result))
```
