# Markdown + R 來源：[Markdown寫作淺談](http://www.yangzhiping.com/tech/r-markdown-knitr.html) ## 科技寫作與Markdown+R ### 科技寫作會碰到什么難題？ 如果你是純文科生，寫的都是豆瓣小酸文或者詩歌之類的，那么，看完上面這一部分就可以打住了。如果你還有寫科技論文的需要，則繼續往下看。 科技寫作與文藝寫作的不同主要有： * 公式與圖表：相信各位寫過科學論文的，都會為數學公式與各類圖表的輸出頭疼不已； * 格式轉換：pdf是通用的，但是有時偏偏需要LaTeX原始格式或者Word原始格式； * 參考文獻：投稿給不同刊物，往往參考文獻要根據對方的格式來調整。 解決這些難題，[LaTeX](http://en.wikipedia.org/wiki/LaTeX)是國際科學界，尤其是偏數理類的學科的主流方案之一。當然，因為中國盜版office的流行，導致國內科技論文Word更盛行，則是另一碼事。Word因為近些年在參考文獻協作軟件、數學公式方面的發力，也逐步成為科技界認同的論文投遞標準之一。 提到LaTeX的人們，常常有兩種口氣。一種是當做大神來敬仰的，當語言、軟件變為傳奇，路人皆知它的誕生歷史時，于是，眾多如你我這類文科生，只有抬頭仰望的份了。另一類，則是不屑的口氣，LaTeX那么好學，你怎么都學不會！國際期刊都是用這個寫的，你別混了。。。 于是，我等文科生只好在被鄙視的眼光之下，快快走過LaTeX。。。但是，LaTeX真的符合人們寫作習慣嗎？請記住當時的歷史。那時的計算機，所見即所得，并不像今天這么流行。那時的計算機，處理能力也不像今天這么強大。更別提什么腳本語言了。翻出上一份LaTeX文檔所用的APA模版，大家就知道它有多么坑爹了。。。  使用Lyx，好看多了。問題是，它有坑嗎？你跳過嗎？ ## Markdown+R如何解決的？ 每位試圖解決LaTeX的不便，又試圖保留它的優點的人們，都走上了一條不歸路。 直到有一天，極其熟悉LaTeX，也熟悉Markdown的yihui同學，意識到了，LaTeX它可以作為最終格式生成。但是，我們中間的寫作過程，完全可以用Markdown這么簡單明了的語法來寫，我們真正需要的，就是一堆數學公式、圖表與參考文獻而已。前2者，恰恰是R的強項。后者，則留給開源社區，下一步解決。（可參考[線索1](http://johnmacfarlane.net/pandoc/README.html#reference-links)、[線索2](https://github.com/inukshuk/citeproc-ruby)、[線索 3](https://github.com/inukshuk/jekyll-scholar) ) 于是，在他的新作R包[knitr](http://yihui.name/knitr/)中，果斷提供了Markdown支持。并說服R社區主流編輯器廠家，開源軟件[RStudio](http://www.rstudio.com/) 提供 Markdown支持，從而使得Rmd這種新格式開始流行。我們有幸看到這個重要格式的誕生，國人的貢獻如此重要。 ## Rmd 簡介 Rmd 格式更詳細的描述，讀 yihui 的文檔：[自動化報告](https://github.com/yihui/r-ninja/blob/master/11-auto-report.md) 在這里，讓我簡單說明，如何最快上手Rmd格式。 ### 安裝并配置RStudio 下載 [RStudio](http://rstudio.org/) 之后，打開配置選項，如下圖所示：  然后，進行如下配置：  ### 新建Rmd文檔 新建一個Rmd文檔，如下圖所示：  然后，默認會出來一些內容。如果你對Markdown語法有不熟悉的地方，點擊MD按鈕。寫完之后，直接點擊： **Knit HTML** 按鈕即可發布。MD按鈕與Knit Html按鈕的位置如下圖所示：  就會預覽成功。你也可以點擊保存，生成相應的圖片、Markdown文檔。 是的，你要的一切圖片都有了！這就是 yihui 所推崇的 文學性編程、[可重復研究](http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/pub/Main/UseR-2012/InvitedXieAllaire.pdf)概念的神奇。 更重要的是，還保留了對LaTeX的無縫兼容。比如，大家可以敲下這段文字：  其中，這一段， ``` $$latex f(x;\mu,\sigma^2) = \frac{1}{\sigma\sqrt{2\pi}} e^{ -\frac{1}{2}\left(\frac{x-\mu}{\sigma}\right)^2 } $$ ``` 就是直接生成LaTeX格式的數學公式！ 沒有安裝RStudio，或者不熟悉R的朋友，可以在我搭建的一個在線演示APP里面，將上述代碼，粘貼上去，然后看看神奇的效果！ 網址是：[R Markdown App](http://r.psyapp.com/apps/markdown/) 效果如下圖所示：  ## 這么做，有什么好處呢？ 讓我細數一下： ### 真正意義上的可重復性研究 發表論文或者審核同事的報告，有個最麻煩的事情，你不知道他的步驟或者計算是否有誤。現在，代碼嵌在報告正文中，或者附錄在報告末尾。而你，要做的，僅僅是一鍵生成。。。 這就是真正意義上的可重復性研究！ ### 更強大的數學與制圖能力 既兼容了LaTeX的既有能力，同時，又廣泛借助于R自身強大的作圖與統計學習能力。 更重要的是，未來，并不是非要用R語言作圖。yihui 同學在前文中的描述已經極其清楚了。 ### 當然，還有云計算 真正意義上的云計算，尤其是類似于我們這樣，中小企業、小型實驗室實戰使用的小型云計算，不同于各類忽悠的云計算。Markdown+R這種方式是最佳方式之一。上述例子中提到的那個APP，就是搭建在云中。同時提供各類REST接口，可以被Ruby程序調用。 ## Markdown格式與LaTeX、Word等格式的互轉 點這里：[Pandoc](http://johnmacfarlane.net/pandoc/) 還有不少有趣的玩法，如[Building a beamer presentation with knitr](https://gist.github.com/2955183). ## 如何學習Markdown+R？ 好了，回到大家最關心的部分。分成兩部分，先是如何學習Markdown，其次是如何學習R。 ### Markdown格式說明 * 參考：[Markdown](http://markdown.tw/) * 更好的學習辦法是直接讀各類范本文件 * 更多資源參考[V2ex節點](http://v2ex.com/go/markdown) ### Markdown編輯器 * Mac等平臺下推薦[Mou](http://mouapp.com/) * Windows平臺推薦[MarkdownPad](http://markdownpad.com/) RStudio可作為寫作科技論文與R語言編輯器選擇，它是跨平臺的 * [markdown-here](https://github.com/adam-p/markdown-here)借助Chrome插件，將gmai寫作窗口變為Markdown在線寫作窗口 * 可以直接在線通過github撰寫與提交Markdown文件，github有自動的版本跟蹤功能，不用擔心寫廢與找不到以前寫的 ## Windows下的GitHub特別說明 * 如果碰到git、github等與windows不兼容的現象，不建議折騰，而是直接在線提交即可。 * GitHub最近發行了Windows版本，下載地址[在這里](https://github.com/blog/1127-github-for-windows) * 我的老文：[如何高效利用github](http://www.yangzhiping.com/tech/github.html) ## 如何學習R ### Rstudio * Getting_Started_with_RStudio.pdf ### R語言入門讀物 * R for SAS and SPSS Users.pdf ： 適合有SPSS基礎的朋友 * Analysis of Questionnaire Data with R ： 適合處理問卷數據的文科生或社會科學類 * 更多參考我的豆列：[技術派心理學](http://book.douban.com/doulist/1222833/) ## 示范 ### 文藝青年 文藝青年看這里， * [為什麼文科生也該用markdown寫作?](http://www.douban.com/note/221187015/) * [為什么作家應該用 Markdown 保存自己的文稿](http://jianshu.io/p/qqGjLN) ### 科學青年 可以看這里：[如何學習科學：開放科學工具箱](https://github.com/ouyangzhiping/openscience/blob/master/README.md) 點擊 RAW 即可看到原始格式。這是一個長文檔的示范。另一個示范是作者寫的一個在線DEMO： [云中的社會網絡分析+Markdown](http://r.psyapp.com/apps/markdown/) 以及：[Markdown+R科技文寫作](http://panda0411.com/2012/06/22/markdownr%E7%A7%91%E6%8A%80%E6%96%87%E5%86%99%E4%BD%9C/) ### 技術青年 * [knitr](http://yihui.name/knitr/)以及各類Google、維基百科。 * 特別是：[pandoc-markdown](http://johnmacfarlane.net/pandoc/README.html#pandocs-markdown) * [Primarily Pandoc: Writing in Markdown instead of LaTeX](http://www.charlietanksley.net/philtex/primarily-pandoc/)