大部分湖（西部和南部）屬于馬拉維，東部到坦桑尼亞，東部海岸相對較大的一部分在莫桑比克管轄。 兩個重要的島嶼Likoma和Chizumulu位于莫桑比克水域，但屬于馬拉維。 Taiwanee Reef是位于Chizumulu島北部約7公里處的巖礁，以前稱為臺灣礁，也位于莫桑比克水域，盡管只有馬拉維漁民在那里鋪網。 　　湖泊在熱帶中的位置防止地表水變得比深層更冷，從而防止水的任何廣泛的垂直循環，雖然有一些。 只有水柱的上部200米充分氧化以支持除了在下面的缺氧（并且稍冷）層中存在的厭氧微生物之外的生活。 在從6月到8月的干旱季節期間最常見的東南風（mwera） - 引起湖中最南部地區稍微較冷層的上升流，將該地區的表面溫度降低到20℃。 在雨季（11月至4月），保護區的溫度可能升至30°C以上。 然而，平均表面溫度為23至28℃。 　　<center></center> 　　<center></center> 　　水的化學成分在整個湖是相當均勻的。 其pH值在7.8和8.5之間變化。這兩個值之間的差異主要是由于二氧化碳（CO 2）在水中的含量。 在沖浪區域，氣體交換批發呢，有利于減少CO 2含量，使得pH高于在掩蔽的海灣或更深層水中的pH值。 電導率，礦物質含量的測量，在200和260微西門子之間，與東非裂谷的其他湖泊相比相對較低。 　　<center></center> 　　溫度和降水的季節性變化同時伴隨著水下可見度的變化：這可能從2月的炎熱天氣中的無可見度（小于1厘米）到10月無風日的20多米。具有巖石底部的區域比具有泥漿基底的區域擁有更清潔的水，但是一般來說藻類綻放是近海水域混濁的主要原因。在雨季期間，來自臨時河流的沉積物使得在離岸幾公里處的能見度降低到零。 　　足夠的雨水量可能導致湖水平在一個月內升高超過一米（例如，2003年1月）并在雨季（5月）結束時，可能比干燥（和大風）季節（11月）結束時高兩米，因為從湖的唯一出口是在南部的希拉河 。除了這一年的波動，在更長的時間，水位發生了明顯變化。 在1980年8月達到最高記錄的水位后，隨后幾年水位下降了幾米。 　　<center></center> 　　<center></center> 　　現在認為馬拉維湖的形成始于約860萬年前，深水環境最早在450萬年前開發（Delvaux 1995）。在隨后的歷史中，湖水位下急劇下降好幾次。湖泊幾乎完全干涸了在1.0到160萬年前，第二次大幅下降的發生250至42萬年前（德爾沃1995）。 　　<center>  </center> 　　在其歷史上，沉積物已經積累在湖底，已經發現在過去145,000年中積累了約90米深的一層沉積物。現在的沉積層總共有四公里的深度！通過分析從湖最深部分獲得的沉積物核心，Scholz等（2011）和Lyons等（2011）發現，在95到11萬年前，馬拉維湖在當前水平之下大約550米以下！他們估計當時的湖泊體積小于當前值的3％，表面積小于當前值的11％！ Lyons等人（2015）最近的研究表明，在過去130萬年中，湖泊水位已經下降了200米或至少24次！ 最后一個主要低位（在當前水平之下100米）發生在大約18,000年前的最后一次冰期。 　　<center> </center> 　　這些低臺站足夠長，留下痕跡的古海岸線，可以通過回聲在整個湖上探測到。較小的古湖仍然是一個單一的湖泊，不分成幾個湖泊，就像坦噶尼喀湖那樣。 　　普遍認為，低水位時期是由于熱，干燥的氣候造成。 湖水中的這種劇烈波動無疑會在以不同形式棲息于古湖的麗魚科魚之間的物種形成（和滅絕）的連續波中反映出來（Gemter＆Turner 2014）。 　　Genner等人（2007c）給出了馬拉維麗魚的年齡的兩種不同的估計，一種基于假定的慈鯛家族的Gondwana起源，在我看來是最不可能的，和另一種基于慈鯛科魚化石。通過后者基于化石推算，Malavi haplochromini的年齡估計為2.4-340萬年，非mbuna為0.5-120萬年和mbuna為600,000-400,000年。 　　<center> </center> 　　在這本書中，提到了800多種物種，其中600種僅從相對淺的水中知道（大多數慈鯛沿著岸邊生活，而相對較少的物種遠離岸邊）。據認為，至少另外100-200種可能等待在湖的更深層發現。據認為今天存在的多達一千種物種的總數可能只是在某一時刻住在湖中的物種的一小部分。Won等人（2005）估計Tropheops物種中的T.tropheops，T.sp. 'gracilior nankumba'和T.sp.'broad mout'的食性在過去的17,000年間開始各自演化-這恰好與在最后的冰河時代的低湖立場吻合。如果能夠以這種速度生產新物種，比如每個物種10,000年，那么250個種類的mbuna湖將意味著一個新的物種在湖中平均40年！由于mbuna的最大年齡估計在大約60萬年，這可能意味著大約15,000種mbuna已經存在！ 　　<center> </center> 　　湖的海岸線分為三種主要類型。大約三分之一是巖石，而大多數剩余部分由沙灘組成。第三種類型的沼澤地帶有蘆葦 - 發現在河口附近。大多數慈鯛出現在特定的棲息地，雖然沒有完全禁止其選擇喜歡的環境，到目前為止大多數是這樣的。由于交替的陡峭的巖石海岸、平緩沙地或沼澤海岸形成了潛在的地理隔離，也是慈鯛的形態和分布的重要因素。此外，雖然大多數富裕水道是臨時性的，只在雨季期間帶來雨水，一些較大的、 永久性的河流已經并仍然對巖石區棲息慈鯛的分布產生影響。這些河流往往形成相鄰但形態不同種群之間的邊界。將湖劃分為棲息地提供了一種方便的方式來討論它所擁有大量物種。這種劃分至少部分是人為的，因為許多物種在棲息地之間移動。在這種情況下，相關物種只能在最可能遇到的棲息地進行討論。 　　<center></center> 　　已認可的棲息地如下所示： 　　1. 波浪沖洗的上部巖石棲息地。 巖石棲息地的上部三到五米，包括露出水面的巖石，小島嶼和陡峭的巖石海岸，通常的特點是清潔但湍急的水域。該區域總是具有不含沉積物的基質，并且覆蓋硬質基質的藻類墊（稱為aufwuchs或biocover）含有許多固定的藻類鏈。 　　<center></center> 　　2. 無沉積物的巖石棲息地。** 該區域通常位于陡峭的斜坡岸邊，并且通常由大量的慈鯛群組成。巖石的尺寸可以從足球尺寸到直徑幾十米巨大的巨石那么大，其中后者比前者提供的化石要少。巖石創造許多洞穴和裂縫被小的慈鯛用作產卵地點。 該地域擁有豐富的食物，競爭主要是為了爭奪領土。 　　<center></center> 　　3. 深，沉積豐富的巖石棲息地。巖石棲息地的富含沉積物和深部區域中的慈鯛的種群密度比上部區域低得多。可能是因為可用的食物的比較少：大多數巖石棲息的慈鯛依賴于與藻類相關的食物，藻類生長又依賴于較強光強度。 此外，沉積物也可能阻礙藻類生長。 　　<center></center> 　　4. 中間棲息地（砂和巖石）。該棲息地代表純的巖石棲息地和沙質（或泥質）湖底之間的過渡帶，包括巖石和沙子的區域。 這種類型的棲息地可能出現在深水層，與淺水中的類似區域相比，其中包含完全不同的慈鯛群落（作為單獨的棲息地處理 - 見下文）。 中間棲息地擁有湖中最物種豐富的群落，但不一定是最密集的。 　　<center></center> 　　5. 淺中間棲息地。 在許多地方，巖石海岸離海岸線20至50米之外，其邊緣是由沙子和巖石組成的一個淺的，緩慢傾斜的架子，最終以一個較陡峭的角度離開。一些物種被限制在這個棲息地， 但也有許多其他的物種在那里被發現。 這個棲息地通常是潛水員觀察慈鯛的最佳地方。 　　6. 水生植物的保護的海灣。這個棲息地的特點是渾水和淤泥覆蓋在底部的沙子和巖石上，以及在湖中發現的少數高等植物種中最常見的Vallisneria spiralis床。這些植被床可以在深達6米處找到，并為幾種慈雕提供和食物。 富含沉積物的底物為許多有機體提供充足的營養，這些有機體又由慈鯛消耗。 　　<center></center> 　　7. 沙地棲息地。超過一半的湖岸線由純砂的延伸、沼澤和巖石海岸交替構成。這種開放的群落生境不能為小慈雕提供有效的掩護，因此大多數發現在大群或淺灘。(This open biotope offers little or no cover for small cichlids and hence most are found in large groups or shoals.)巖石或樹干（由洪水沖刷）為幾種群集繁殖的慈鯛提供了參考點，并且較小的物種可能在那里找到棲息地。空蝸牛殼對某些物種也有類似的作用。 　　8. 未知的深度。** 湖的深處，近海水域還沒有被潛水員（或遙控攝像機）到訪，但是其擁有大量可以使用“鉤”和“線以”及“深chirimila網”捕獲的慈雕種類。 由于缺乏水下觀測，不能得到關于底部結構的相關信息，其大部分居民是否保持靠近底物或居住在遠遠高于底部的水柱中不得而知。然而，大量物種與底部接觸的可能性不大。