## 基本散點圖展示
### 應用場景
eg: 依據設定的方向展示某種特征數值的變化趨勢。比如說:基因的表達隨患者年齡的變化趨勢,基因的表達隨腫瘤大小的變化趨勢等等

### 利用plot創建line plot
```R
load('./cli_test.Rdata')$rt_cli
# rt_cli如上圖所示
x <- c(1:57) #創造一個于TP53有相同長度的數值向量
y <- rt_cli$TP53[order(rt_cli$TP53)] #將TP53的表達值從大到小排序
plot(x, y, type = "S")
```

```R
# type 改變線的類型
# xlab和ylab 添加x和y的標簽
# cex.lab, cex.axis改變字體大小
plot(x, y, type = "b", pch = 19, cex.lab = 2, cex.axis=2,
col = "red", xlab = "virtual", ylab = "TP53")
```

### 利用ggplot2創建line plot
```R
library(ggplot2)
data <- data.frame(cbind(x, y), stringsAsFactors = FALSE) #準備一個ggplot2所需要的數據格式
colnames(data) <- c('virtual', 'TP53')
ggplot(data = data, aes(x = virtual, y = TP53)) +
geom_line()
```

```R
# theme_classic() 主題類型
# color 改變line的顏色
ggplot(data = data, aes(x = virtual, y = TP53)) +
geom_line(color = "blue") + theme_classic()
```

- 智匯醫圈
- 第一章 前言
- 1.1 簡介
- 1.2 制作該教程的目的
- 1.3 學習該教程需要掌握的基礎知識
- 1.4 該教程適用人群
- 第二章 散點圖(scatter plot)
- 2.1 基本的散點圖
- 2.2 3D 散點圖
- 第三章 線圖(line plot)
- 3.1 基本的線圖
- 第四章 箱型圖(boxplot)
- 4.1 基本的箱型圖
- 4.2 圖形參數調整
- 4.3 多分組箱型圖
- 4.4 小提琴圖
- 第五章 密度圖(density plot)
- 5.1 基本的密度圖
- 第六章 熱圖(Heatmap)
- 6.1 基本的熱圖
- 6.2 ggplot2 heatmap
- 6.3 相關性熱圖
- 第七章 主成分分析(PCA)
- 7.1 2D PCA
- 7.2 3D PCA
- 第八章 ROC 曲線
- 8.1 基本的 ROC 曲線
- 第九章 生存分析(KM plot)
- 9.1 基本的生存分析
- 第十章 KEGG 和 GO 分析
- 10.1 KEGG 分析
- 10.2 GO 分析
- 第十一章 Circular plot
- 11.1 基本的 Circular plot
- 附錄 下載數據