在申請人答復第一次審查意見通知書之后，審查員應當對申請繼續進行審查，考慮申請人陳述的意見和／或對申請文件作出的修改。審查員應當在審查程序的各階段，使用相同的審查標準。 在繼續審查前，審查員應當核實答復文件中的申請號、申請人、專利代理機構及代理人、發明名稱等事項，以避免差錯。 如果審查員在撰寫第一次審查意見通知書之前，已對申請進行了全面審查，則在繼續審查階段應當把注意力集中在申請人對通知書正文中提出的各審查意見的反應上，特別應當注意申請人針對全部或者部分審查意見進行爭辯時所陳述的理由和提交的證據。如果申請人同時提交了經修改的說明書和／或權利要求書，審查員首先應當按照專利法第三十三條和專利法實施細則第五十一條第三款的規定，分別審查修改是否超出原說明書和權利要求書記載的范圍以及修改是否按照審查意見通知書要求進行(參見本章第5.2節)；如果修改符合上述規定，再進一步審查經過修改的申請是否克服了審查意見通知書中所指出的缺陷，是否出現了新的不符合專利法及其實施細則有關規定的缺陷，尤其是審查新修改的獨立權利要求是否符合專利法第二十二條的規定，從而確定該經修改的申請是否可以被授予專利權。