物質的醫藥用途如果以“用于治病”、“用于診斷病”、“作為藥物的應用” 等等這樣的權利要求申請專利，則屬于專利法第二十五條第一款第(三) 項“疾病的診斷和治療方法”，因此不能被授予專利權；但是由于藥品及其制備方法均可依法授予專利權，因此物質的醫藥用途發明以藥品權利要求或者例如“在制藥中的應用”、“在制備治療某病的藥物中的應用” 等等屬于制藥方法類型的用途權利要求申請專利，則不屬于專利法第二十五條第一款第(三) 項規定的情形。 上述的屬于制藥方法類型的用途權利要求可撰寫成例如“化合物Ｘ作為制備治療Ｙ病藥物的應用” 或與此類似的形式。